技术背景
单细胞多组学技术是以单个细胞作为研究对象分析单细胞内基因表达和膜表面蛋白表达,通过Barcoded磁珠标记单细胞后进行反转录、扩增建库和测序,利用生物信息学对单细胞的转录组测序数据分析,获得单细胞的基因表达谱和膜表面蛋白表达信息,对细胞亚群进行聚类、信号通路富集分析等。
技术平台
单细胞检测平台基于 BD Rhapsody 单细胞上样工作站和Scanner成像仪组成。利用多孔芯片将单细胞悬液自然沉降到微孔中分离成单个细胞,多组学试剂盒对单细胞标记后,裂解、反转录和扩增,获得转录组库、VDJ免疫组库、ATAC文库;将平台独特的寡核苷酸标记Ab-seq抗体提前孵育单细胞,对寡核酸序列扩增、建库和其他文库一起NGS测序,进行单细胞转录组和膜蛋白表达分析,实现多组学检测。
检测项目
- 单细胞全转录组测序分析(scRNA-seq )
- 单细胞免疫组库检测(BCR/TCR)
- 单细胞核染色质可及性检测(snATAC-seq)
- 单细胞多组学测序分析(转录组+膜蛋白+免疫组库+ snATAC库)
检测流程
平台优势
实现单细胞多组学一站式检测
单通道超过20万个微孔,单次最高可上样6万个单细胞,捕获率高,有利于稀有亚群检出
细胞自然沉降到微孔中完成单细胞分离,对细胞损伤小,适合中性粒等脆弱细胞检测
利用SMK标签,区分不同组单细胞,一次上样可进行多样本分离,减少样本组间操作造成的差异
应用领域
样品要求
单细胞上机满足要求
- 细胞直径小于40µm(大于40µm需要分离单细胞核);
- 单细胞悬液活率大于80%;
- 细胞数大于2X105 ;
体液、组织等详细取样送样要求见《单细胞测序服务指南》
技术背景
10X Visium HD系统可以将普通FF和FFPE组织切片HE染色、免疫荧光染色后的目的区域转录组分析物,转移到Visium玻片上,保留组织切片的空间转录组信息,通过生物信息学分析组织空间细胞组成、空间基因表达、空间细胞间通讯,发掘新的生物标志物。
技术平台
空间转录组学检测平台是基于10X Visium HD的检测系统,在Visium HD芯片的6.5mmX6.5mm的区域,包含了大约1100万个2μm x 2μm的 barcoded square,每个barcoded square作为一个亚细胞级别的独特spatial barcode,允许将基因表达数据映射回特定的square,将切片转录组空间信息映射到Visium芯片中,通过反转录、建库和测序分析获得样本的转录组空间信息。
检测流程
平台优势
- 组织空间单细胞水平分析细胞组成和亚群构成
- 空间单细胞间通讯分析
- 空间单细胞基因表达分析
应用领域
样本类型及要求
接受样本类型
新鲜冷冻组织
石蜡组织/石蜡切片
样本要求
组织形态学检测:冰冻切片或石蜡切片,普通 H&E 染色,样本符合客户研究目的,组织形态上完整,无大的裂痕、冰晶形成而产生的空泡、褶皱等。
RNA 完整性检测:切片提取 RNA,Agilent 2100检测 RIN 值,理想情况下 RNA RIN 值应大于4。
技术背景
在免疫细胞中,存在分泌多种因子的多功能亚群、分泌一种因子的单功能亚群和无因子分泌的亚群,而细胞免疫功能的发挥常是由10-20%特定的单细胞所驱动,提前发现这些特定功能亚群对预测肿瘤免疫药物疗效、细胞治疗产品工艺优化、疫苗注射细胞免疫反应性等发挥重要作用,因此单细胞蛋白功能性蛋白组检测技术逐渐在肿瘤免疫药物开发、免疫抗感染和细胞治疗中受到重视。
技术平台
单细胞功能蛋白组检测基于布鲁克IsoSpark 4通道全自动工作站,通过微流控芯片上的单细胞微室捕获单细胞或批量蛋白全自动定量检测。IsoCode单细胞功能蛋白芯片,可对上千个细胞分泌的蛋白或者胞内的磷酸化蛋白进行单细胞水平的分析,解析细胞功能上的异质性,发掘多功能细胞;CodePlex 多重蛋白检测芯片,在的低至15 µl样品量下实现多重细胞因子检测。
检测项目
IsoCode 单细胞分泌蛋白质组检测
人类适应性免疫应答 -32 plex/小鼠适应性免疫应答 -27 plex
人类天然免疫应答 -32 plex/小鼠天然免疫应答 -16 plex/非人灵长类适应性免疫应答 -14plex
人类炎症应答 -32 plex
单细胞胞内磷酸化蛋白质组检测
人类肿瘤信号通路 -15 plex
人类适应性免疫信号通路
CodePlex 体液多重细胞因子蛋白质组检测 (仅需上样11μL)
人类适应性免疫应答 -22 plex/小鼠适应性免疫应答 -16 plex
人类天然免疫应答 -19 plex/小鼠天然免疫应答 -16 plex
人类细胞因子风暴免疫应答 -18 plex
人类干细胞免疫应答 -17plex/人类肿瘤免疫应答 -17 plex
检测流程与数据分析
应用领域
样本要求
IsoCode 单细胞分泌蛋白质组检测/单细胞胞内磷酸化蛋白质组检测
PBMC/肿瘤细胞数量>2X106, 细胞活率≥85%(最少不低于80%);
体液多重细胞因子蛋白质组检测
血清、血浆、细胞培养上清、细胞裂解液、脑脊液、尿液等不低于15µl,-80℃保存,干冰运输。
技术背景
蛋白质组学对于解密蛋白质如何作为一个系统相互作用及在疾病中发挥的功能至关重要,体液样本取材简便蛋白分布均一,基于血浆等体液的蛋白质组学用于疾病诊断和分析逐渐受到关注,传统检测受限于血浆等高丰度蛋白的影响,难以对样本中低丰度蛋白做稳定的检测, 高通量蛋白富集试剂盒和全自动样本处理系统突破了低丰度蛋白稳定检测的难题。
技术平台
高通量蛋白质组学检测平台由高通量蛋白富集试剂盒、样本自动工作站和质谱检测与蛋白分析软件系统组成。蛋白富集试剂盒是基于选择性亲和超顺磁性纳米探针的技术,通过化学偶联反应蛋白质富集探针,富集体液低丰度蛋白质,通过质谱分析实现对蛋白质鉴别和定量。自动化工作站,提高了检测效率和稳定性。平台检测突破传统的基于抗原-抗体的蛋白质检测技术,实现了高低丰度无偏蛋白质鉴定,丰度超越9个数量级,低丰度蛋白覆盖超过2000个。
平台优势
检测流程
检测项目
超多重蛋白质生物标志物发现
各类疾病血液早期诊断标志物发掘
药物疗效预测和评估
应用领域
Panel定制服务
针对代谢疾病、心脏类疾病、自免疾病等推出的Panel定制服务,可以检测 20 µl 样品中各种浓度的 5,000 种分析物,定制化分析疾病相关的蛋白质子集,可以更有针对性的提供疾病相关的信息。
样本要求
体液蛋白检测
血浆或血清50-100µl,血浆需要EDTA抗凝处理。
组织蛋白检测
根据组织类型和实验目的单独制定方案。